面積狹小的與那國島上，主要有二大一小的聚落。最主要的行政中心，是位在北方的祖納港區域，與那國町役場便是設於此。另一個大的聚落則是距離台灣最近的西 端久部良港，五島醫生日劇裡漁民們常常吵來吵去之處便是這裡。而島上最小的聚落，則是在南側的比川。不過，比川這地方有美麗的沙灘，架空的「志木那島診療 所」便是蓋在這邊。這裡的聚落雖小，但還是有一所小學的存在（比川小學校），也是劇中志木那島小學校的取材地。五島醫生的診療所在該劇拍攝完之後，完整保 留供觀光客參觀，不過入內要收門票就是。