行政院國科會至今仍沿襲過去之惡習「未依法行政」，自行於法律規定外以「已列為參考文獻」和「指導教授給予」之論點為侵占人 蘇英杰辯稱「尚難稱有違反學術倫理」，應依照現行法律規範之條文進行「實質審查」。
一、 依據行政院國科會94年3月31日臺會綜二字第0940003311號函復，其內容全文「未以相關法律或規定條文」說明其審查結果並無違反學術倫理，並且「未審查結案報告之內容」。「有無違反學術倫理？」和「是否合理使用？」應依法律和規範進行實質審查。
二、 依行政院國家科學委員會學術倫理案件處理及審議要點第二條適用範圍：「違反學術倫理行為，指研究造假、學術論著抄襲，或其他於研究構想、執行或成果呈現階段違反學術規範之行為。」。且其中所謂「違反學術規範」係指造假、抄襲和剽竊等行為，國科會應依此規定進行實質審查，不能自行以「已列為參考文獻」和「指導教授給予」之論點為侵占人 蘇英杰辯稱「尚難稱有違反學術倫理」。
三、 依行政院國家科學委員會學術倫理案件處理辦法第五條：「研究人員有下列情形之一者，違反學術倫理：」之第三款「剽竊：指為自己或他人研究之目的，使用第三人之研究資料或研究成果，並未註明出處。註明出處不當，情節重大，或未適當註明出處而以翻譯代替論著者，以剽竊論。」其處理辦法中之說明欄第五項亦明文解釋如下：「第三款所謂「剽竊」，指為研究的目的，在研究過程中抄襲、盜用他人之研究構想、過程、成果或文字，卻未妥善為註明，使第三人無從分辨研究成果為何人所有，蓋研究成果不能贈與並且應真實反應研究人員之研究貢獻，未妥善註明他人之貢獻或成果將導致研究成果無法正確歸屬且有害智慧財產權之保護。..........」。
四、 依行政院國家科學委員會學術倫理案件處理辦法第五條：「研究人員有下列情形之一者，違反學術倫理：」之第六款：「蓄意就著作人姓名為不實之記載者。」其處理辦法中之說明欄第八項亦明文解釋如下：「第六款係規定作者貢獻表現應真實呈現，關於著作人之貢獻表現真實性，實質上雖常認相當於剽竊之問題，但實際上常常涉及研究室掛名倫理而易遭忽略，是故有就其獨立規範予以明確化之必要。其中，蓄意就著作人之姓名為不實之記載，因無法真實呈現對著作之貢獻，如有故意遺漏之情事，實質上相當於對他人著作之剽竊；虛偽不實之增減著作人姓名之行為，基於學術成果不得贈與或私相授受之原則，皆為違反學術倫理之行為而有加以規範之必要。..........」。
五、 依著作權法第65條「著作之利用是否合於第四十四條至六十三條規定或其他合理使用之情形，應審酌一切情狀，尤應注意下列事項，以為判斷之基準：(i.) 利用之目的及性質，包括係為商業目的或非營利教育目的。(ii.) 著作之性質。(iii.) 所利用之質量及其在整個著作所占之比例。(iv.) 利用結果對著作潛在市場與現在價值之影響。」均有明文之規範和審查方式。
六、 所謂「列為參考文獻」的行為在一般學術研究常態中，係指於論文中僅少部分「引用」他人「已公開」發表之著作，並且僅佔著作之比率20%以內，並且其研究過程和成果均依賴著作人自行研發和創作（例如電腦程式）或經過他人「同意」才能利用他人研究成果，如此才屬於「合理使用」。而且「合理使用」於著作權法第65條亦有明文規定其判斷之基準。
七、 侵占人 蘇英杰系爭論文之執行或成果呈現階段，乃未經本人同意直接利用本人所「獨力創作」之電腦程式，任意進行重製和改作，並且未註明「係利用本人所開發之電腦程式著作（未公開發表）」並且未將本人之「電腦程式著作」列為參考文獻，故意使他人認為此研究思想、執行和成果為侵占人 蘇英杰所創，已屬於「剽竊」之行為。
李永明 : 逢甲大學航太與系統工程系 副教授
王正賢 : 大葉大學工業工程與科技管理學系 助理教授 (逢甲大學兼課)
蘇英杰 : 台灣大學光電工程學研究所博士班